Фильм «Персона 3. Фильм II» продолжает историю Макото Юки, юного героя, который перевелся в частную академию Гэккокан. Вскоре после приезда он сталкивается с загадочным существом, известным как Тень, что пробуждает в нем необычную силу – способность вызывать Персону. Члены секретного клуба SEES, занимающегося борьбой с Тенями, замечают потенциал Макото и предлагают ему вступить в их ряды. Хотя изначально он принимает предложение с настороженностью, постепенно парень начинает сближаться с новыми друзьями и осознает важность своей роли в борьбе с темными силами. Фильм исследует темы дружбы, самооткрытия и борьбы с внутренними демонами в мире, полном опасностей и загадок.